Bei der Nutzung des DokuAssistenten beauftragen medizinische Einrichtungen wie Praxen, medizinische Versorgungszentren oder Krankenhäuser CGM als Auftragsverarbeiter. Die Verarbeitung von Patientendaten durch CGM ist in diesem Zusammenhang streng auf den vorgesehenen Zweck beschränkt; das heißt, die im System gespeicherten personenbezogenen Daten dürfen ausschließlich zur Erstellung der Konsultations- bzw. Gesprächszusammenfassungen verwendet werden.

Die Verantwortung und Kontrolle über die Patientendaten verbleibt dabei stets bei der jeweiligen Einrichtung. Sie bestimmt, ob eine Konsultation mit dem DokuAssistenten aufgezeichnet wird, welche Inhalte und Patientendaten an das System übermittelt werden und wie lange diese gespeichert werden. Eine automatische Löschung findet dabei aus Gründen der Datenminimierung spätestens nach 30 Tagen statt.